Музей был открыт на базе частной коллекции грампластинок профессора, музыковеда, композитора Шафера Наума Григорьевича.
Решением акима города Павлодара № 1630 от 20 декабря 2000 года создаётся государственное коммунальное казённое предприятие «Дом музей Шафера», уполномоченным органом этим же решением было назначено управление культуры города Павлодара.
С 2005 года государственное управление предприятием осуществляется департаментом культуры Павлодарской области. На основании постановления акимата Павлодарской области от 9 июля 2008 года № 175/7 предприятие переименовано в коммунальное государственное казённое предприятие «Дом-музей Шафера» управления культуры Павлодарской области.
Истинное сокровище коллекции – это 14000 граммофонных и патефонных пластинок, некоторые из них уже практически в единичном экземпляре. Всего в музее имеется 23 тысячи 443 пластинок, 2082 аудио- и видео-записей на магнитных катушках и кассетах (в том числе 604 бобин магнитофонных записей, 948 аудиокассет, 530 видеокассет) — это настоящая «звучащая летопись истории». В ней представлены записи музыкальных произведений конца XIX и XX столетий, голоса политических деятелей, известных артистов, поэтов, музыка многих народов.
В фонотеке представлены граммофонные, патефонные, виниловые пластинки. Самые первые записи граммофонных пластинок датированы 1898 годом и изготовлены на фирме «Пате», где звучат старинные русские романсы, церковное хоровое пение, голоса ведущих оперных певцов Шаляпина, Собинова, Неждановой и другие. Патефонные пластинки начала двадцатого века в коллекции представляют самые первые записи произведений мировой классики Глинки, Чайковского, Баха, Моцарта, Генделя, Шопена, Верди, Мендельсона.
На пластинках представлены все «скорости века», которые сохранены на хрупких (бьющихся) патефонных и виниловых пластинках на 33, 45, 78 и даже 90 оборотов, различных фирм звукозаписи «Граммофон», «Сирена Рекордз», «Парлафон», «Colambia», «Zonophon», «His master s voice», «Мелодия» и др.
На патефонных пластинках представлены и записи казахских народных мелодий, первых казахских опер на музыку Е. Брусиловского, А. Жубанова, Ш. Калдаякова. В разделе казахской музыки есть все записи песен в исполнении народной артистки СССР, первой исполнительницы арий первых казахских опер Куляш Байсеитовой, ранние записи в исполнении певицы Жамал Омаровой и Розы Баглановой.
Уникальность раздела казахской музыки составляет пластинка 1935 года выпуска, воспроизводящая первые записи народных казахских мелодий на пластинке, кюй «Кенес» и «Балбраун» в исполнении дуэта Каламбаева и Мухитова.
Всего в разделе казахской народной музыки и исполнителей представлены около 500 пластинок. Есть среди них и песни на стихи акына Жамбыла Жабаева в исполнении оперного певца С.Лемешева, так и в исполнении современных эстрадных исполнителей. В коллекции пластинок представлены исполнения оперных певцов Сергея Лемешева, Фёдора Шаляпина, эстрадных — Марка Бернеса, Клавдии Шульженко, барда Булата Окуджавы и др. Для особо изысканного слуха можно найти и настоящее тувинское и монгольское горловое пение. На пластинках представлены и литературно-драматические записи спектаклей, речи вождей, политических деятелей, голоса Гагарина и Левитана. Можно на звуковых дорожках встретить и голоса певчих птиц и колокольные звоны, и суры прочтения Корана.
Особое место в коллекции занимают и пластинки с автографами исполнителей: Леонида Утёсова, Любови Орловой, Евгения Евтушенко, Айман Мусахаджаевой, Бибигуль Тулегеновой, Ермека Серкебаева и др.
По материалам фонотеки подготовлено 33 музейных проекта. Это первые записи в исполнении Куляш Байсеитовой, Жамал Омаровой, первого казахстанского барда Виктора Мильто, песни на стихи павлодарских поэтов Павла Васильева и Нутфуллы Шакенова, песни Бибигуль Тулегеновой, песни на стихи Музафара Алимбаева, Роберта Рождественского и других.
Картотека насчитывает более 500 тысяч карточек на музыкальные произведения (по композиторам и исполнителям). Кроме того в фондах музея есть лазерные диски, и обширная фильмотека. Ко всему этому прилагается личная библиотека коллекционера Н.Г.Шафера, насчитывающая 9356 (девять тысяч тристо пятьдесят шесть) экземпляров книг, нотные издания, либретто, 2039 отдельных экземпляров и 90 подшивок журналов по 60 наименованиям, 363 подшивок газет (188 наименований), 452 экземпляра самиздата.
